Scaffold
샘플간 비교, PTM, Regulated isoform의 확인, list up, 스펙트럼의 drill down, high through-put 기능을 하는 소프트웨어.

Scaffold Q+
iTRAQ, TMT, Label-free 시료의 정량과 그룹화 및 통계 처리를 하는 프로그램

Scaffold Q+S
SAILAC iTRAQ, TMT, Label-free 시료의 정량과 그룹화 및 통계 처리를 하는 프로그램

Scaffold PTM
Post-translational modification(PTM) site의 확인과 여러 시료간 PTM rate의 비교 및 Scaffold Q+의 정량 결과를 확인할 수 있는 소프트웨어.

Scaffold perspectives
여러 샘플의 Unlimited categorization, 필터링 및 단백질의 클러스터링을 하는 프로그램