최근에 Glycans은 가능성 있는 바이오마커 연구의 일환으로 단백질 의약품의 PTMs(Post-Translational Modification) 연구 등, 많은 연구자들의 주목을 받고 있다. 예를 들어, 특별한 Glycan의 구조는 동물의 생명 전 단계에서 복잡한 조직내 셀표면에서 주로 존재하고 규명된다. 더욱이, 특별한 Glycan의 구조는 단백질 기능 규칙에 있어 Post-transcriptional, Post-translatioanl Layer의 단백질 Activity를 조절한다. 어떤 경우에는 특정한 셀 표면 시그날링 분자 기능 연구들은 적당한 단백질의 정확한 위치에서 정확한 Glycan들 구조에 대한 설명을 요구하기도 한다. 하지만 Glycan의 복잡한 Branching과 Isomeric 특성은 이 구조를 규명하는데 있어 중요한 분석적 도전을 제시한다.
질량분석기는 Glycan들의 구조 해명에 있어 가장 적합한 분석기기로 대두되어왔다. 이것은 검출 감도와 Cell Lines과 Organism의 다양성으로 유도된 Glycan들의 복잡한 혼합물을 분석할 수 있기 때문이다. 하지만 여기 질량분석기를 기본으로 하는 접근법에는 약간의 단점이 있다. 질량분석기는 많은 결과들을 도출해 낸다. 현재, Glycan으로부터 진행된 결과들은 대부분 지루하고 시간소비적인 수작업으로 이루어진다. 더하여, 당 시퀀스를 특성화하는 분석은 Branching, Monosaccharide 단위 사이의 linkage, Anomeric 구성 그리고 가능한 Sulfate 또는 Phosphate Groups 위치를 해명해야만 한다. 이와 같이Glycan 구조의 해석을 하고 간단화 할 수 있는 Bioinformatics tool의 부족은 MS를 기반으로한 접근법의 가장 큰 약점이다. 더욱이, MS 기반으로 하는 Glycomics는 향후 다단계 Fragmentation (MSⁿ)이 요구되어진다. 이것은 Glycan구조 해석 즉, 구조적으로 Heterogeneity 하거나 다른 Isomers들을 결정하는데 있어 매우 중요한 Tool이다. 이것은 가능성있는 Glycan 구조의 Isomers들의 차이를 확인하기 위해서는 MS⁶ 또는 MS⁷을 하는 것이 일반적이다.
PREMIER Biosoft로 부터 SimGlycan Software는 Glycan에 대한 규명과 구조 해석을 할 수 있도록 제공한다. Thermo Scientific 사의 질량분석기에서 획득할 수 있는 Raw Data를 그대로 사용할 수 있다. 또한 Database Searching 과 Scoring Technique을 이용하여 High Accuracy MS를 가지고 서로 연결된 Glycan의 구조를 해석할 수 있다. MS/MS 결과는 SimGlycan software에 포함되어 있는 9500 이상의 Glycans들의 이론적인 Fragmentation과 맞추어서 결과로 도출된다. 각 제안된 구조가 실험적인 결과와 얼마나 잘 Match가 되었는지를 반영하기 위해 순위를 부여하였다. 제안된 Glycan 구조와 관계된Glycan Class, 반응, 반응경로 그리고 효소 같은 다른 생물학적인 정보들이 상호작용 연결을 통해 더욱 유용한 정보들을 제공해 준다.
본 연구에서는, Glycan의 복잡한 구조를 해석하는데 있어 SimGlycan Software를 사용하여 MSⁿ Fragmentation을 조합시키고 결과를 처리하는 자동화된 Workflow를 처음으로 소개하고자 한다.

Thermo Scientific Mass Spectrometer에서 얻은 MSⁿ Glycan Spectra를 가지고 자동으로 구조 규명하는 것을 SimGlycan Software를 이용하여 선보인다.